En la aplicación y desarrollo de la cirugía ablativa y la estimulación cerebral profunda se han destacado dos estructuras nucleares consideradas como los blancos quirúrgicos de elección: tálamo motor, a nivel del núcleo ventralis intemedialis (Vim) y la región posteroventral del globo pálido interno (GPi). La talamotomía y la estimulación crónica del tálamo continúan siendo realizadas, fundamentalmente, para el control del temblor, mientras la palidotomía, proceder retomado por Laitinen resulta efectiva, al igual que la estimulación crónica del pálido interno, para mejorar muchos signos motores de la enfermedad.

Una de las cirugías más aceptadas en reconocidos centros neuroquirúrgicos del mundo y que se practica en la actualidad es la subtalamotomía dorso-lateral selectiva, que consiste en la eliminación de las zonas de esa estructura del cerebro que funcionan en exceso y generan una situación anormal del control de los movimientos.

El núcleo subtalámico (NST) es considerado por varios autores como un blanco preferido en la cirugía de la enfermedad de Parkinson (EP).

Los estudios experimentales con lesiones del núcleo subtalámico, han mostrado efectividad en mejorar todos los signos motores de la enfermedad de Parkinson en monos. MPTP (1-metil-4-fenil-1, 2, 3,6-tetrahidropiridina) y otros modelos. Igualmente fueron consideras efectivas las lesiones en la región subtalámica de pacientes con enfermedad de Parkinson realizadas en la década del sesenta, aunque muchas de ellas no eran verdaderas lesiones del núcleo subtalámico y se extendían en toda región subtalámica, incluyendo la zona incerta, sustancia negra pars reticulata (SNpr), campos de Forel-H2 y tálamo.

La subtalamotomía dorso-lateral selectiva, con lesiones solamente confinadas a la región sensoromotora del núcleo subtalámico se realizaron posteriormente en humanos.

Aunque la estimulación cerebral profunda  (ECP) del subtálamo en pacientes con enfermedad de Parkinson ha sido favorecida, la ablación del núcleo subtalámico cada vez es realizada por mayor número de investigadores en varios países. Aunque actualmente existen diferencias en los métodos descritos para la localización y lesión del núcleo subtalámico.

Por la forma, tamaño y posición espacial del núcleo subtalámico, su ablación requiere de una técnica quirúrgica particular para cada paciente y un método de evaluación clínica junto a la comprobación real de las lesiones que permita evaluar la seguridad y efectividad del procedimiento quirúrgico.

La "batalla pendiente" en el tratamiento del Parkinson, objetivo prioritario de las investigaciones en el campo de las neurociencias en los próximos años, es detener el proceso degenerativo de la enfermedad, impedir que avance y, a mediano plazo, incluso curarla. Esto constituye un reto y un problema a solucionar por la neurología y neurocirugía funcional moderna.