La presencia de posibles recombinantes de cepas de virus de la hepatitis C (HCV) circulando en América Latina y su relación con la terapia antiviral actual, es un asunto extremadamente importante que debe ser direccionado. Así como también, el conocimiento de las características genéticas de los virus de hepatitis que circulan en nuestro país permite un mejor entendimiento epidemiológico de estas enfermedades asociadas a cronicidad y secuelas graves tales como hepatitis fulminantes, cirrosis y cáncer de hígado. Esto permitiría mejorar el control de estas enfermedades, aportando información valiosa en el campo del diagnóstico (utilizando en el caso de que sea necesario herramientas diagnósticas más adecuadas a las variantes virales circulantes en el país, en particular en el caso de infecciones ocultas), así como quizá también en el campo de la prevención (infiriendo por ejemplo la eficacia de la vacuna contra el virus de la hepatitis B en nuestra población expuesta a variantes autóctonas del virus y evaluando la aparición de mutantes de escape a la vacuna) y el tratamiento con antivirales (analizando por ejemplo la aparición de resistencia a lamivudina).

Dado las implicaciones de la recombinación en la evolución de los virus (Worobey  Colmes, 1999) y el desarrollo de vacunas, programas de control de virus, manejo de pacientes y terapias antivirales, es claramente importante determinar la extensión en la cual la recombinación juega un rol en la evolución de virus de la hepatitis C (HCV) y/o HBV. El reconocimiento de la recombinación es importante no solo para desenredar la historia filogenético de cepas de virus de la hepatitis C (HCV), sino también la inferencia filogenético molecular. La ignorancia de la presencia de recombinación, pueden severamente comprometer los análisis filogenético.

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