La biopsia intraoperatoria se realiza siempre con el paciente en quirófano baja rápidamente al laboratorio de anatomía patológica donde allí se congela se realiza unos cortes en el criostato y se tiñen con hematoxilina eosina de una forma rápida. lo más importante de esto es la rapidez con la que se tiene que procesar esa muestra y emitir un diagnóstico. Este diagnóstico se utiliza siempre para emitir un diagnóstico sobre malignidad e incluso el alcance de la lesión neoplásica mediante la interpretación de cambios en el tejido remitido. Así, puede tomarse una decisión cómo seguir resecando parte un de órgano si contiene aún tumor.