Se recomienda a los oftalmólogos que basen cualquier tratamiento en un cultivo, si es posible. Si se realiza un cultivo en una úlcera periférica pequeña y los resultados muestran MRSA o Streptococci, los cirujanos deben someter al paciente a un tratamiento con vancomicina fortificada además de la fluoroquinolona de última generación.

Las fluoroquinolonas de última generación son efectivas contra la mayoría de las demás bacterias que con frecuencia causan úlceras de córnea. Si una úlcera no responde al tratamiento con fluoroquinolonas, los cirujanos deben pensar que la causa de la infección puede ser un organismo inusual, como la especie Mycobacteria, o un organismo no bacteriano como un hongo o una acanthamoeba. Para estos pacientes, el tratamiento debe alterarse y orientarse hacia esos organismos.

Los pacientes con úlceras micóticas deben ser tratados según el tipo de hongo. Si el hongo es filamentoso, recomiendo que los cirujanos administren natamicina tópica (Natacyn, Alcon Laboratories, Inc.). Si el hongo es no filamentoso, puede administrarse un tratamiento inicial con natamicina seguido de otros tratamientos como oriconazole, amfotericina, fluconazole o ketoconazole.

Los pacientes con úlceras por acanthamoeba deben tratarse con medicación antiamoébica preparada extemporáneamente, como propamidina o clorhidrato de polihexametileno biguanida.

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