No tiene absolutamente nada que ver el virus con la metaplasia.
El tener metaplasia no quiere decir que tengas nada malo, es decir, es un proceso normal que ocure "constantemente" a todas las mujeres. Te explico lo que es la metaplasia:
El epitelio que recubre la vagina (digamos que es la piel que la recubre), está formada por celulas "escamosas". Al final de la vagina se encuentra el cuello uterino que se divide en exocervix (parte externa del cuello uterino) y el endocervix (que es el canal que une la vagina con el utero)Pues bien, el exocervix está formado por células columnares, y ésta además es una zona de transición, quiere decir que recibe este nombre porque se van alternando una capa de celulas escamosas con una capa de celulas columnares otra de escamosas y otra de columnares y así continuamente.
Si en el papel han detectado metaplasia escamosa quiere decir que han visto celulas escamosas en el cuello del utero, pero eso no es indicativo de ninguna patología. Lo unico que esto puede ocasionar en las celulas son leves atipias NO anomalas, causadas por la transición celular, y éstas mismas desaparecen cuando termine esa etapa de metaplasia por así decirlo, es lo que han llamado celulas reactivas.

Para que tuvieras VPH es decir Virus del Papiloma Humano, tendrían que haber visto coilocitos en la citología y con la tecnica del papanicolau se ve. Si el resultado es negativo, no tienes VPH, si el resultado es positivo, es recomendable que te biopsien para confirmar que tengas VPH. Si ambos medicos se contradicen, pide que te vuelvan a hacer las pruebas y si no es posible pide una 3º opinión.

Espero haberte servido de ayuda.