El título completo del libro de Vesalio es De humani corporis fabrica y está organizado en forma típicamente galénica: consta de siete partes, la primera dedicada al esqueleto y las articulaciones, la segunda a los músculos estriados, la tercera al sistema vascular, la cuarta al sistema nervioso periférico, la quinta a las vísceras abdominales y a los órganos genitales, la sexta al corazón y a los pulmones, y la séptima al sistema nervioso central. El libro termina con un pequeño capítulo sobre algunos experimentos fisiológicos, como esplenectomía, afonía por sección del nervio recurrente, parálisis muscular después de sección medular, sobrevivencia del animal después de abrirle el tórax si la respiración se mantiene con un fuelle, etc. A las dos primeras partes, o sea al esqueleto y a los músculos estriados, Vesalio dedica 42 del total de las 73 láminas, revelando con claridad el interés que tenía en que su libro fuera útil no sólo a los médicos sino también a los pintores y escultores. En muchas de las ilustraciones las figuras posan como estatuas clásicas en un ambiente bucólico, con colinas, árboles, rocas y ruinas romanas, así como un río cruzado por un puente y varias construcciones más recientes; las figuras poseen actitudes y movimientos de seres vivos. El texto, al que se unieron trescientas planchas grabadas en madera por Calcar, salieron en mula hacia Basilea al taller de Juan Oporino. Poco después vieron la luz los primeros ejemplares. La Fabrica iba dedicada al emperador Carlos V y el Epitome al que después sería Felipe II. Vesalio tenía entonces 29 años. La obra originó una reacción airada de algunos galenistas. Uno de los que le atacó ferozmente fue su maestro parisino Jacobo Silvio quien le propinó calificativos como desvergonzado, impío, calumniador e ignorante. (19) (20)

Las aportaciones originales de Vesalio al conocimiento anatómico fueron: cambiar el método didáctico, uso de ilustraciones, correcciones a Galeno, e incorporar nuevos hallazgos. A esto hay que añadir que Vesalio vio de otra manera la anatomía o al cuerpo humano, una forma nueva que podemos llamar renacentista. En lo que se refiere a la idea descriptiva Vesalio pensó que debía seguir a Galeno: estudio de los músculos; venas, arterias y nervios; y vísceras. Sin embargo la concepción no es la misma exactamente. Para Vesalio los huesos eran el fundamento sustentador de una estabilidad arquitectónica, el sostén en el que se apoya un edificio entero. Por eso el término "Fabrica" equivale aquí a "edificio".

En lo que se refiere a la idea descriptiva secundaria, es decir, la descripción de las partes singulares en cada libro, es como sigue: el de los sistemas edificativos o constructivos el orden es descendente, es decir, topográfico y espacial. Persiste la ordenación bizantina capite ad calcem pero desprovista del simbolismo que tuvo en la Edad Media. La descripción de las partes impulsivas es galénica, es decir, funcional. Los sistemas conectivos siguen una tendencia mixta.

La parte más brillante de la Fábrica es la que se refiere a la osteología. Se describe con detalle cada uno de los huesos. En la miología diferencia bien el ligamento del tendón, el nervio y el músculo, que hasta entonces era frecuente confundirlos. La parte dedicada a la angiología es bastante completa; niega rotundamente la existencia de la famosa rete mirabile. En cuanto a los nervios sigue clasificándolos en duros o motores y blandos o sensitivos. Niega la oquedad de los nervios de los sentidos y de forma especial la del nervio óptico.

Respecto a los órganos de la nutrición y generación sus descripciones de los genitales masculinos y femeninos suponen un avance. Describe bien el peritoneo y el estómago, pero desconoce otras estructuras como el páncreas. Habla por vez primera de la estructura interna del hígado.

En lo que se refiere a los órganos de la cavidad vital o torácica merece ser mencionada la descripción del corazón. Niega la existencia de los poros interventriculares pero su esquema de la circulación de la sangre sigue siendo galénica.

La descripción de los órganos de cavidad animal o craneal es cuidadosa. Destruye la concepción errónea de los tres ventrículos del cerebro, y señala la diferencia entre la sustancia gris y blanca del encéfalo entre otras cosas. (21)

En el prólogo de su libro, Vesalio describe la situación de la medicina de su tiempo y critica a los médicos que han descuidado el estudio de la anatomía, a los profesores que no hacen disecciones personalmente, y a los que se someten por completo a las enseñanzas de Galeno. Aunque la crítica está dirigida a estos tres grupos en especial, en realidad es aplicable a todo el esquema del pensamiento medieval, basado como estaba en la autoridad inapelable del dogma. La ciencia era imposible mientras la verdad sobre la naturaleza tuviera que buscarse no en la realidad sino en las Sagradas Escrituras, y todo lo que las contraviniera no sólo era falso sino obra del demonio, por lo que debía prohibirse y combatirse con el fuego. Por simple extrapolación, las obras de Galeno se habían erigido en el equivalente de las Sagradas Escrituras médicas, de modo que lo que Vesalio se atrevió a hacer fue una herejía médica monumental. Sin embargo, tal herejía era indispensable como parte de un nuevo método para el estudio de la anatomía, de un nuevo método para explorar la naturaleza, de un nuevo método científico. (22)

Cinco puntos se destacan como los más significativos en la aportación que Vesalio hace al saber anatómico humano.
1º Sustituye la anatomía libresca de los glosadores de Galeno por otra más fiel a la realidad y basada en su propia experiencia de disector. A Vesalio puede calificársele de disector, profesor, demostrador y dibujante.

2º Corrige casi todos los errores descriptivos de Galeno. Las descripciones de Vesalio se refieren a la verdad del cuerpo humano, no al cuerpo del mono o del perro.

3º Añade muchos descubrimientos nuevos.

4º Describe con claridad las partes anatómicas del cuerpo humano.

5º Utiliza con esplendidez, belleza y eficacia inéditas la ilustración anatómica.