Hola.
Verás, la enfermedad celiaca tiene tantos síntomas que pueden serlo los de intestino y los de estómago porque aunque en esta enfermedad lo que se daña es el intestino delgado, sus lesiones repercuten en todo el aparato digestivo e incluso en el resto del organismo pues una enfermedad sistémica en la que pueden verse afectados desde el higado al cerebro pasando por los órganos reproductores, los huesos .. etc ... etc .. paradójicamente tambien puede cursar sin ningun síntoma digetivo. Yo te conté mi caso y mis síntomas eran básicamente de estómago.. dolor naúseas, eructos, indigestion, gases ..

En cuanto a la gastroscopia, personalmente no me parece una prueba demasiado desagradable ni peligrosa, no duele y sólo dura unos diez minutos, el movimiento del tubo provoca un poco de arcadas pero nada importante .. a mi me la hicieron a pelo pero tambien se puede echar un spray que adormece un poco la garganta o directamente con sedacción y así no te enteras de nada, creo que lo que cuentas del tubo por la nariz tiene pinta de ser mucho más desagradable.
Espero que encuentren lo que te pasa y puedas mejorar, te aseguro que te entiendo porque sé lo que es vivir con esos síntomas, te deseo mucha suerte.