Hola:

Yo mejor acudiría con un médico estomatólogo, que es el que leí que se encarga de lo que tiene que ver con boca, garganta, sistema digestivo, hasta donde recuerdo.

No suena nada normal que te duela así y menos cuando estás tomando un medicamento. En algún lado también leí que puede ser un síntoma de cáncer oral, pero digo, no creo que necesariamente sea eso, pero eso sí, si tienes un síntoma persistente que no se quita con nada lo mejor es tratar de pedir una segunda opinión al respecto.

Igualmente, aunque no sé si ayudé, te dejo una página donde hablan del cuidado de dientes y boca en general, quizá ahí hayan mencionado algo similar: http://on.fb.me/vFB77D

Saludos.