Muy Buenas Noches...
Vamos al grano sobre tus preguntas...
El hecho de que la Raiz del Premolar este saliendo hacia afuera si es de preocuparse aunque si hay solución para el tema, frecuentemente se da que por la acción del aparato que usas y mas si es del tipo que describiste se produzcan movimientos indeseados durante el tratamiento.
Si antes de hacer el injerto se debería hacer una terapia con aparatos fijos o bracketts como los conoces tu... esto para que la pieza dentaria quede en una posición definitiva y sobre esta posición ya corregida se pueda hacer recien el injerto de hueso.
Mi Recomendación a grandes rasgos de la descripción que diste es que se deberia de colocar bracketts, corregir totalmente las discrepacias faltantes, concluidos todos los detalles durante el tratamiento de ortodoncia, planificar la cirugía para el injerto y finalmente aparatos de contención, guardas o cualquier técnica de contención fija, otra sugerencia que el profesional que te atienda sea certificado en el uso y manejo de pacientes de Ortodoncia, como comentario extra podrías utilizar técnicas de Ortodoncia de Autoligado que te permiten mover los dientes de forma más liviana sin provocar tanto daño y repercusiones sobre el hueso y sobre todo buscar un Ortodoncista certificado en su uso, ya que no todos lo son muchos son empíricos y no actualizados en las nuevas técnicas de tratamiento ortodontico...
Si quieres conversar más del tema visitame en mi blogspot y contactame a traves del mismo.
Saludos espero te haya servido mi criterio profesional.
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