Hola, soy enfermero, desde hace años he notado ese mismo problema y me da la impresión de que no es comida retenida sino algún tipo de infección y una secreción que se llama caseum.
He leído que las amigdalas son necesarias y que actúan como la primera barrera ante los agentes infecciosos.
Os dejo un extracto que he conseguido en una página llamada consejos-e.com:
La amigdalitis crónica se produce como resultado de infecciones repetidas de las amígdalas, que acaban dejando un residuo de gérmenes acantonados, los cuales mantienen un estado de infección permanente. Según la edad y la fase evolutiva, se distinguen varios tipos:

•Cuando la infección crónica da lugar al desarrollo exagerado del tejido que forma las amígdalas, hablamos de amígdalas hipertróficas, lo que suele ocurrir en niños. En algunos casos estas amígdalas pueden obstruir la entrada a la faringe.
•Posteriormente, la infección crónica puede provocar incluso la formación de pequeños acúmulos de pus en profundidad, que al abrirse forma pequeños cráteres en su superficie: son las amígdalas crípticas, caracterizadas por una superficie perforada pro numerosos orificios que se comunican, y por la que puede aparecer una secreción amarillenta grumosa llamada caseum.
•En la edad adulta, cuando las amígdalas dejan de ser funcionantes, la infección crónica destruye el tejido amigdalar, dando lugar a las llamadas amígdalas atróficas, de tamaño muy reducido.