Galileo entonces fue a Roma a defender sus teorías. El temor de que sus teorías le fuesen expropiadas, y a la vez el deseo de que ellas fueran aceptadas por los científicos contemporáneos y por la Santa Iglesia hicieron que Galileo se volviera inflexible y esto ocasionó la condena del Santo Oficio. En 1618 aparecieron tres cometas que ocasionaron un revuelo entre los astrónomos de toda Europa y ante la explicación simplista del jesuita Orazio Grassi, Galileo contraatacó volviendo a defender la Teoría heliocéntrica de Copérnico a través de su escrito ‘Discurso sobre los Cometas’.

El ‘Tratado del Comprobador’ se lo dedicó en 1623 al Papa Urbano VIII (Maffeo Barberini), intelectual y entusiasmado admirador de Galileo, escribiéndolo en italiano y no en latín, lengua de los doctos.

En 1624 tuvo seis audiencias con el Papa recibiendo honores, recomendaciones y apoyo económico para sus investigaciones. Fue creando su obra maestra en relación al ‘Dialogo sobre los dos máximos sistemas del mundo ptolemaico y copernicano’, donde expuso el principio de la relatividad y su método para determinar la velocidad de la luz.

En 1630 le mostró su obra al Papa Urbano VIII. Este se lo dio a unos censores para que lo leyeran e interpretaran antes de su publicación. La ignorancia de los censores en materia astronómica, axial como las dificultades de comunicación con Galileo, ya en Florencia, debido a la Peste hizo que Galileo diera la orden de impresión que hizo que en el año 1632 se publicara en Florencia. En éste libro Galileo utiliza el discurso de tres personas como el dialogo que desliza las ideas copernicanas, refutadas por el personaje Simplicio, que en toda la obra, es tomado por tonto y asume los argumentos del Papa Urbano VIII, por lo cual era obvio que tarde o temprano iba a tener problemas. En 1632 Galileo de setenta años es llamado por el Tribunal de la Inquisición, retardando su ida a Roma en pleno invierno de 1633.

Bajo amenaza de tortura se dice que Galileo les ofreció cambiar el texto y refutar las teorías copernicanas, pero no le fue aceptado. Declarado culpable por ‘Haber sostenido y creído en doctrinas falsas y contrarias a las Sagradas Escrituras…que el Sol no se mueve de oriente a occidente y que la Tierra se mueve y no sea el centro del mundo’.

Aun axial Galileo logró evitar que la condena se hiciera efectiva en sus aspectos más duros. La cárcel le fue cambiada por confinación en la Villa del embajador del Granduque de Toscana en Roma, en la Casa del Arzobispo Piccolomini en Siena y en la villa de campo de Galileo en Arcetri.

En 1638 cuando ya estaba completamente ciego, publicó en Leyden, Holanda su trabajo más importante ‘Discorsi e dimostrazioni matematiche intorno a due nuove scienze’. Muere en Arcetri en 1642 y es enterrado en la basílica de Santa Croce, junto a Miguel Ángel y Maquiavelo.

La gran importancia de Galileo reside en la recuperación del método cientifico desarrollado en época helenística y recuperado gracias al estudio de obras como la de Arquímedes.

Sus inventos para la historia fueron: el plano inclinado para estudiar el movimiento de los cuerpos, la balanza hidrostática para medir la densidad de los cuerpos, el termoscopio para medir las variaciones de densidad del aire en función de la temperatura, maquina accionada por energía animal para extraer agua de pozos profundos, el compás proporcional, el ‘celatone’ para medir la longitud en el mar usando los satélites de Júpiter, el ‘Giovilabio’ instrumento para calcular la posición relativa de la Tierra y Júpiter, el micrómetro y el Helioscopio.

Sus obras más importantes fueron: ‘La bilancetta’ 1644, ‘Le mecaniche’ 1599, ‘Le operazioni del compasso geometrico et militare’ 1606 , ‘Sidereus Nuncius’ 1610, ‘Discorso intorno alle cose che stanno in su l'acqua’ 1612 , ‘Historia e dimostrazioni intorno alle Macchie Solari’ 1613, ‘Lettera al Padre Benedetto Castelli’ 1613, ‘Lettera a Madama Cristina di Lorena’ 1615, ‘Discorso sopra il flusso e il reflusso del mare’ 1615, ‘Il Discorso delle Comete’ 1619, ‘Il Saggiatore’ 1623, ‘Dialogo sopra i due massimi sistemi del mondo 1632, ‘Discorsi e dimostrazioni matematiche intorno a due nuove scienze attenenti alla meccanica e i movimenti locali’ 1638, ‘Lettera al principe Leopoldo di Toscana’ 1640.